การแพทย์แผนไทยเป็นการแพทย์ที่ดูแลสุขภาพคนไทยมานานนับพันปี จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ พบว่ามีการใช้ยาจากสมุนไพรในการรักษาโรคในอาโรคยศาลากว่า 100 แห่ง ซึ่งสร้างในสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ 7 ของอาณาจักรขอม ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของไทยมาตั้งแต่ก่อนตั้งกรุงสุโขทัย องค์ความรู้การแพทย์แผนไทยได้รับอิทธิพลจากความเชื่อทางพุทธศาสนาในเรื่องของธาตุสี่และขันธ์ห้า และได้พัฒนามาตลอดช่วงประวัติศาสตร์ของประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในยุคสุโขทัยและรัตนโกสินทร์ตอนต้น

มีการรวบรวม สังคายนา บันทึกองค์ความรู้การแพทย์แผนไทย ตำรับยาไทย การนวดไทยเป็นจารึก คัมภีร์ และตำราการแพทย์แผนไทยต่าง ๆ จนมาถึงสมัยรัชกาลที่ 5 เมื่อมีการก่อตั้งโรงพยาบาลศิริราช ซึ่งเป็นโรงพยาบาลการแพทย์แผนตะวันตกแห่งแรกของประเทศในปี พ.ศ. 2430 ได้มีทั้งการรักษาพยาบาลด้วยการแพทย์แผนไทย

และการเรียนการสอนการแพทย์แผนไทยควบคู่ไปกับการรักษาและการเรียนการสอนการแพทย์แผนตะวันตกตั้งแต่ปี พ.ศ. 2432 แต่เป็นที่น่าเสียดายที่บริการและการเรียนการสอนการแพทย์แผนไทยต้องยุติลงในราวปี พ.ศ. 2458 ทำให้การแพทย์แผนตะวันตกเข้ามามีบทบาทเต็มที่ในระบบการแพทย์และสาธารณสุขของประเทศ ขณะที่บทบาทของการแพทย์แผนไทยในการดูแลสุขภาพคนไทยลดน้อยลงมากตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา