มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิก เป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนของคริสตจักรเซเว่นธ์-เดย์แอ๊ดเวนตีสภาคพื้นเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ จัดตั้งภายใต้มูลนิธิคริสเตียนเมดิคอลของเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส ซึ่งเป็นมูลนิธิที่มีวัตถุประสงค์เพื่อการสาธารณกุศลด้านการศึกษา การแพทย์ การศาสนา การพัฒนาชุมชน และอื่นๆ โดยมิได้มุ่งหาผลประโยชน์มาแบ่งปันกันเพื่อคนหนึ่งคนใดโดยเฉพาะ

มหาวิทยาลัยมีกิจกรรมหลายอย่างที่ได้กระทำตามวัตถุประสงค์ของมูลนิธิฯ เช่น การสงเคราะห์ทุนการศึกษาให้แก่เยาวชนผู้ด้อยโอกาส การร่วมกิจกรรมของหน่วยแพทย์เคลื่อนที่ การออกค่ายอาสาพัฒนาชนบท การพัฒนาทักษะทางด้านภาษาอังกฤษแก่เด็กและเยาวชนในท้องถิ่น การให้บริการทางด้านวิชาการแก่ชุมชน สถาบันการศึกษา สถานบริการสุขภาพทั้งในและต่างประเทศ เป็นต้น

 

มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิกพัฒนามาจากโรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่ได้ก่อตั้งขึ้นโดยมิชชันนารีคณะเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ความช่วยเหลือในด้านการรักษาพยาบาล การฟื้นฟูและการส่งเสริมสุขภาพแก่ประชาชน โดยจัดตั้งโรงพยาบาล สถานีอนามัย โรงเรียนพยาบาลขึ้นทั่วไปในประเทศต่างๆ

 

ในปี พ.ศ. 2480 นายแพทย์ ราฟ เอฟ วอดแดล และภรรยาได้รับอนุญาตให้จัดตั้งโรงพยาบาลมิชชั่นในประเทศไทย ซึ่งเปิดทำการครั้งแรกที่ห้าแยกพลับพลาไชย ภายหลังได้ย้ายมายังเลขที่ 430 ถนนพิษณุโลก กรุงเทพฯ จนถึงปัจจุบัน

 

ปี พ.ศ. 2484 โรงพยาบาลมิชชั่นได้ขออนุญาตเปิดโรงเรียนพยาบาลเพื่อผลิตพยาบาลสำหรับให้บริการแก่ผู้ป่วยในโรงพยาบาลมิชชั่น แต่เปิดสอนได้ไม่นานก็ต้องปิดลงเนื่องจากสงครามโลกครั้งที่ 2

 

ปี พ.ศ. 2490 โรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ได้เปิดทำการสอนอีกครั้ง ณ เลขที่ 430 ถนนพิษณุโลก กรุงเทพฯ ซึ่งอยู๋ในบริเวณเดียวกันกับโรงพยาบาลมิชชั่น ตลอดเวลาที่เปิดดำเนินการโรงเรียนพยาบาลฯ ได้ทำการปรับปรุงหลักสูตรการเรียนการสอนให้ทันสมัย สอดคล้องกับหลักสูตรมาตรฐานของกองการพยาบาล กระทรวงสาธารณาสุขอยู่เสมอ

 

ปี พ.ศ. 2508 ทำการปรับปรุงหลักสูตรอีกครั้ง โดยแยกหลักสูตรการพยาบาลออกจากวิชาการผดุงครรภ์ ระยะเวลา 3 ปีและ 6 เดือนตามลำดับ อีกทั้งได้เพิ่มคุณสมบัติผู้สมัครเข้าศึกษาจากเดิม คือชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เป็นมัธยมศึกษาปีที่ 5

 

ปี พ.ศ. 2529 โรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2529 ให้จัดตั้งเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนในนาม “วิทยาลัยมิชชัน” จัดตั้งภายใต้มูลนิธิคริสเตียนเมดิคอลของเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส โดยเปิดดำเนินการคณะพยาบาลศาสตร์เป็นคณะแรก และจัดการเรียนการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 4 ปี พยาบาลศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพยาบาลศาสตร์ เป็นหลักสูตรแรก

 

ปีการศึกษา 2533 วิทยาลัยมิชชันได้รับอนุญาตให้จัดตั้งวิทยาเขตขึ้นที่อำเภอมวกเหล็ก จังหวัดสระบุรี เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาระดับอุดมศึกษาแก่เยาวชนในส่วนภูมิภาคโดยจัดการเรียนการสอนในคณะบริหารธุรกิจ 2 สาขาวิชาคือ สาขาวิชาการบัญชีและสาขาวิชาการจัดการ และอีก 1 ภาควิชาอิสระในสาขาวิชาภาษาอังกฤษ

 

ปี พ.ศ. 2540 วิทยาลัยเซ้าท์อีสเอเชียยูเนียน (Southeast Asia Union College) สถาบันอุดมศึกษาในเครือเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส ณ ประเทศสิงคโปร์ ย้ายมารวมกับวิทยาลัยมิชชัน วิทยาเขตมวกเหล็ก ที่อำเภ