หอการค้าญี่ปุ่น-กรุงเทพฯ ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 กันยายน 1954 โดยมีจำนวนสมาชิกทั้งสิ้น 30 บริษัท ระยะเวลา 58 ปีหลังจากการก่อตั้งหอการค้าฯได้มีส่วนให้การช่วยเหลือด้านต่างๆที่เป็นประโยชน์แก่บริษัทญี่ปุ่นที่เข้ามาทำธุรกิจในประเทศไทย และพร้อมๆกับการเติบโตของบริษัทร่วมทุนญี่ปุ่นหอการค้าฯได้เข้าไปมี ส่วนร่วมในการจัดการในธุรกิจประเภทต่างๆเพื่อช่วยให้ธุรกิจเหล่านั้นสามารถประสานกลมกลืนเข้ากับสังคม ไทยได้อย่างดีด้วยเช่นกัน

 

จำนวนสมาชิกของหอการค้าฯ เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องพร้อมๆกับการขยายการลงทุนและย้ายฐานการผลิตสู่ต่างประเทศของบริษัทและโรงงานญี่ปุ่น โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ค่าเงินเยนที่สูงขึ้นหลังการประชุม Plaza Accord ในปี 1985 ทำให้เกิดการตื่นตัวในการลงทุนในต่างประเทศ และกระแสโลกาภิวัฒน์ การเปลี่ยนแปลงไปสู่โลกการค้าไร้พรมแดน ส่งผลให้จำนวนสมาชิกหอการค้าฯเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วจำนวนสมาชิกเพิ่มสูงขึ้น จาก 394 บริษัทในเดือนเมษายน 1985 เป็น 696 บริษัทในปี 1989 ซึ่งช่วงดังกล่าวเป็นช่วงที่มีการเพิ่มของจำนวนสมาชิกมากที่สุด ต่อมาในเดือนมิถุนายน ปี 1994 หอการค้าฯมีสมาชิกเพิ่มเป็น 1,000 บริษัท และเพิ่ม สูงถึง 1,371 บริษัทในเดือนเมษายน ปี 2012

 

หอการค้าญี่ปุ่น กรุงเทพฯเป็นหอการค้านอกประเทศญี่ปุ่นที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกโดยมีโครงสร้างองค์กรที่ประกอบด้วยกรรมการบริหาร (ประธาน 1 ท่าน, รองประธาน 4 ท่าน,เหรัญญิก 1 ท่าน, และประธานคณะกรรมการฝ่ายธุรการ 1 ท่าน) 15 ชมรม แยกตามประเภทของธุรกิจ และคณะกรรมการ 17 คณะซึ่งแยกตามหน้าที่ และคณะสำรวจเศรษฐกิจ หอการค้าฯ ดำเนินกิจกรรมภายใต้ความร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับหน่วยงานราชการ และองค์กรทางเศรษฐกิจต่างๆโดยมีศูนย์กลางการดำเนินงานอยู่ที่คณะกรรมการ (กรรมการ 44 ท่าน, กรรมการพิเศษ 1 ท่าน และผู้ตรวจสอบบัญชี 2 ท่าน )