มหาวิทยาลัยพายัพ เดิมคือ วิทยาลัยพายัพ ตั้งขึ้นโดย มูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย เมื่อพ.ศ. 2517 โดยมี วัตถุประสงค์ ที่จะสนับสนุน นโยบายของ รัฐบาลในการพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา เป็นแหล่งค้นคว้าทางวิชาการ การบริการสังคม และทำนุบำรุง ศิลปวัฒนธรรม ซึ่งวิทยาลัยพายัพ ได้พัฒนาในด้านการจัดการศึกษา และด้านต่างๆ อย่างต่อเนื่อง จนได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัย ให้เปลี่ยนประเภทจาก "วิทยาลัย" เป็น "มหาวิทยาลัย" ในปี พ.ศ. 2527 นับเป็น มหาวิทยาลัยเอกชนแห่งแรกในประเทศไทย
มหาวิทยาลัยพายัพ ใช้อักษรย่อว่า ม.พ.ย.ภาษาอังกฤษใช้ชื่อว่า Payap University ใช้อักษรย่อว่า P.Y.U.
มหาวิทยาลัยพายัพได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษาจากทบวงมหาวิทยาลัย และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) ได้รับรองคุณวุฒิของผู้ที่สำเร็จการศึกษา จากมหาวิทยาลัยพายัพว่ามีศักดิ์และสิทธิ์เท่าเทียมกับผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากสถาบันของรัฐทุกประการ
ต่อมาเมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม พ.ศ. 2527 วิทยาลัยพายัพได้รับอนุญาตจากทบวงมหาวิทยาลัยเปลี่ยนประเภทจากวิทยาลัย เป็น “มหาวิทยาลัย” และมหาวิทยาลัยพายัพได้ดำเนินการพัฒนาในด้านการเรียนการสอนมาโดยลำดับจนปัจจุบันนี้ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนในระดับปริญญาตรี 9 คณะ 3 วิทยาลัย จำนวน 24 สาขาวิชา ระดับปริญญาโทอีก 6 สาขาวิชา และระดับปริญญาเอก 1 สาขาวิชา
นอกจากนั้นมหาวิทยาลัยพายัพได้พยายามปรับปรุง และพัฒนาหลักสูตรการเรียนการสอนเพื่อผลิตบัณฑิตตามแนวทางที่ตอบสนองความต้องการของสังคมอยู่ตลอดเวลา มหาวิทยาลัยพายัพได้ปฏิบัติภารกิจด้านต่างๆของสถาบันอุดมศึกษาได้ช่วยสนับสนุนให้การจัดการศึกษาและการผลิตบัณฑิตของมหาวิทยาลัยดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพ ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมานับได้ว่ามหาวิทยาลัยพายัพได้มีส่วนร่วมในการสร้างสรรค์และเป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาประเทศชาติตลอดมา