มหาวิทยาลัยปทุมธานี เป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชน ได้รับอนุญาตให้จัดตั้งตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชนในนาม “วิทยาลัยปทุมธานี” เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2542 โดย ดร. ชนากานต์ ยืนยง เป็นผู้รับใบอนุญาตจัดตั้ง

วัตถุประสงค์ในการจัดตั้งสถาบันแห่งนี้ เพื่อเป็นการขยายโอกาสให้แก่เยาวชนในจังหวัดปทุมธานีและพื้นที่ใกล้เคียง ให้มีโอกาสศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา ทั้งนี้เพื่อเป็