จังหวัดนราธิวาสมีสถาบันอุดมศึกษา รวม 7 แห่งมีประชากรกลุ่มอายุที่ได้รับการศึกษาระดับนี้มีเพียงร้อยละ 2.4 ซึ่งต่ำที่สุดของประเทศ โดยอัตราการเรียนต่อระดับอุดมศึกษาของผู้จบมัธยมศึกษาตอนปลาย ปี พ.ศ. 2543 ของจังหวัดมีเพียงร้อยละ 37.2
ซึ่งต่ำกว่าอัตราการเรียนต่อระดับอุดมศึกษาเฉลี่ยทั่วประเทศ ในปีเดียวกัน