จังหวัดนราธิวาสมีสถาบันอุดมศึกษา รวม 7 แห่งมีประชากรกลุ่มอายุที่ได้รับการศึกษาระดับนี้มีเพียงร้อยละ 2.4 ซึ่งต่ำที่สุดของประเทศ โดยอัตราการเรียนต่อระดับอุดมศึกษาของผู้จบมัธยมศึกษาตอนปลาย ปี พ.ศ. 2543 ของจังหวัดมีเพียงร้อยละ 37.2
ซึ่งต่ำกว่าอัตราการเรียนต่อระดับอุดมศึกษาเฉลี่ยทั่วประเทศ ในปีเดียวกัน ร้อยละ 81.1 ค่อนข้างมาก เขตภาคใต้ตอนล่าง โดยเฉพาะพื้นที่ 3 จังหวัดชาแดนภาคใต้ คือ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ประชากรที่นับถือศาสนาอิสลามมากที่สุดของประเทศ ประมาณร้อยละ 80 ของชาวมุสลิมที่มีอยู่ทั่วประเทศ และยังไม่มีสถาบันอุดมศึกษา ที่มีการบูรณาการหลักการ ทางศาสนาอิสลาที่เปิดสอนถึงระดับปริญญา ปัจจุบันจึงมีนักเรียนมุสลิมของไทยไปศึกษาตอระดับอุดมศึกษา ในมหาวิทยาลัยต่างประเทศเป็นจำนวนมาก
การจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาที่จังหวัดนราธิวาส นอกจากจะเป็นการเพิ่มโอกาสทางการศึกษาระดับอุดมศึกษาแก่ประชาชนในพื้นที่และประหยัดงบประมาณของประเทศในการสูญเสียดุลการค้าระหว่างประเทศแล้ว ยังเป็นการช่วยเสริมสร้างเอกภาพและคมมั่นคงของชาติ ต้องการเชื่อมโยงการศึกษากับศาสนาเข้าสู่ชีวิตของประชาชนชาวมุสลิม ช่วยก่อให้เกิด ความรัก ความผูกพัน และสำนึกรับผิดชอบต่อสังคม วัฒนธรรมและประเทศชาตอย่างต่อเนื่อง ยั่งยืน
รวมทั้งเสริมสร้างความเข้าใจระหว่างรัฐและประชาชนชาวมุสลิม ให้เกิดความรัก ความสามัคคี ลดความขัดแย้งทางสังคมและการเมือง รวมทั้งการก่อความไม่สงบในพื้นที่ชายแดนภาคใต้
คณะรัฐมนตรีในการประชุมเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2546 ได้อนุมัติในหลักการจัดตั้งมหาวิทยาลัยที่จังหวัดนราธิวาส และจังหวัดนครพนม โดยการหลอมรวมสถาบันการศึกษาที่มีอยู่แล้วในจังหวัด จะได้ใช้ทรัพยากรร่วมกันให้เกิดประโยชน์สูงสุดมีการลงทุนน้อยที่สุดเท่าที่จะสามารถทำได้โดยไม่ขัดต่อปรัชญาการศึกษาและภารกิจของสถาบันการศึกษาเดิม
ปัจจุบันพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ พ.ศ. 2548 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 122 ตอนที่ 14 ก เมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2548 และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2548 โดยการหลอมรวมกิจการ ทรัพย์สิน งบประมาณ รายได้ หนี้สิน บุคลากรของสถาบันศึกษาที่มีศักยภาพในการพัฒนาในจังหวัดนราธิวาสจำนวน 4 สถาบัน คือ
- วิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
- วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
- วิทยาลัยการอาชีพตากใบ สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
- วิทยาพยาบาลบรมราชชนนีนราธิวาส สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข