สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ซึ่งเป็นพระน้องยาเธอในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้มีพระดำริจัดตั้ง "มหามกุฏราชวิทยาลัย" เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวขึ้นภายใน วัดบวรนิเวศวิหาร โดยวิธีจัดการศึกษาแบบสมัยใหม่ มีลักษณะแตกต่างจากการเล่าเรียนภาษาบาลีตามประเพณีแบบเดิม ในขณะเดียวกัน ก็นำเอาวิธีวัดผลแบบข้อเขียนมาใช้เป็นแห่งแรกของประเทศไทยด้วย

 

หลังจากที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ได้ทรงก่อตั้งสถาบันการศึกษานี้ขึ้นแล้ว พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวก็มีพระราชดำรัสให้พระองค์ทรงช่วยปรับปรุงโรงเรียนสอนภาษาบาลี ชื่อ "มหาธาตุวิทยาลัย" ภายในวัดมหาธาตุ ขึ้นเป็น "มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย" เพื่อจัดการให้คณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายได้มีสถาบันการศึกษาชั้นสูงในลักษณะเดียวกัน ควบคู่ไปกับมหามกุฏราชวิทยาลัย ซึ่งสมัยนั้นเป็นสถาบันการศึกษาชั้นสูง และส่วนมากยังจำกัดอยู่แต่คณะสงฆ์ฝ่ายธรรมยุต ต่อมา ทั้ง มหามกุฏราชวิทยาลัยและมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้ปิดตายลงเพราะประสบปัญหาหลายประการด้วยกัน นับเป็นเวลาหลายสิบปี

 

จนกระทั่ง ท่านอาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพได้พยายามรื้อฟื้นขึ้นมาใหม่ จนประสบผลสำเร็จ เมื่อ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์และคณะสงฆ์วัดบวรนิเวศวิหาร ได้ให้การอุปถัมภ์ โดยได้ทำการประกาศรื้อฟื้นขึ้นมาใหม่เมื่อ พ.ศ. 2488 ตามมาด้วย มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ซึ่งประกาศรื้อฟื้นกิจการในปี พ.ศ. 2490 อาจารย์สุชีพ ได้แถลงว่า สาเหตุที่ต้องมีมหาวิทยาลัยสงฆ์ก็เพราะคณะสงฆ์จำเป็นต้องผลิตบุคลากรที่รู้ทันวิชาการสมัยใหม่ มิฉะนั้น คณะสงฆ์จะไม่สามารถสั่งสอนแนะนำชาวบ้านได้ และการสื่อสารกันก็จะเกิดความไม่เข้าใจ เพราะชาวบ้านศึกษาด้านคดีโลก ส่วนพระสงฆ์ศึกษาด้านคดีธรรม ท่านจึงต่อสู้เพื่อให้ได้มหาวิทยาลัยสงฆ์มาอย่างต่อเนื่อง

จนในที่สุด มหามกุฏราชวิทยาลัย และ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยก็ได้รับการรื้อฟื้นมาอีกครั้งหนึ่ง จนได้รับการยกฐานะให้เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐในปี พ.ศ. 2540 ในสมัยนายสุขวิช รังสิตพลเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ได้เสนอให้รัฐสภาตรา ตามความในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540 อันเป็นผลพวงมาจากการทุ่มเทและความมุ่งมั่นอย่างไม่หยุดยั้งของท่านฯ อย่างแท้จริง เหตุผลนี้ ทำให้คนรุ่นหลังกล่าวยกย่อง "อาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ" ว่าเป็น บิดาแห่งมหาวิทยาลัยสงฆ์ไทย

 

เพื่อรำลึกถึงคุณูปการของท่านและสืบสานเจตนารมณ์ของท่าน คณะศิษยานุศิษย์ได้ร่วมกันก่อตั้งมูลนิธิปุญญานุภาพ ขึ้นโดยความเห็นชอบของท่านเพื่อให้ทุนสนับสนุนนักศึกษาหรือครูอาจารย์ผู้ค้นคว้าวิจัยทางพระพุทธศาสนา ณ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย และดำเนินกิจการต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน