การใช้ชื่อ"อโยธยา"(ประวัติกรุงอโยธยาศรีรามเทพนคร) ซึ่งเป็นราชธานีเดิมก่อนจะมีกรุงศรีอยุธยาราชธานีตามประวัติศาสตร์ชาติไทยเพื่อเป็นการระลึกถึงบรรพชนและความยิ่งใหญ่ของดินแดนเก่าแก่ให้ประจักษ์แกสังคมโลกสืบไปชั่วกาลนาน สถาบันเทคโนโลยีแห่งอโยธยา เปิดดำเนินการสอนภาคเรียนแรกในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2550

• คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
  • สาขาวิชาเทคโนโลยีการจัดการพลังงานและสิ่งแวดล้อม (ปิดหลักสูตร)
     
• คณะบริหารธุรกิจ
  • สาขาวิชาการจัดการ
  • สาขาวิชาการตลาด
     
• คณะรัฐประศาสนศาสตร์
  • สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่น (ปิดหลักสูตร)
     
• คณะสาธารณสุขศาสตร์
  • สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์