มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ตั้งอยู่ที่บ้านปารามีแต ตำบลบุดี อำเภอเมือง จังหวัดยะลา บนเนื้อที่ 43 ไร่ ห่างจากตัวเมืองยะลาบนเส้นทางสายยะลาเบตง และสายยะลารามันประมาณ 7 กิโลเมตร ประกอบด้วยอาคารต่างๆ ซึ่งได้รับเงินสนับสนุนการก่อสร้างจากธนาคารอิสลามเพื่อการพัฒนา ประเทศซาอุดิอาระเบีย (IDB) ทั้งหมด 6 อาคาร ได้แก่ อาคารมัสยิด อาคารเรียน อาคารหอพัก 3 หลัง นับเป็นวิทยาเขตแรกที่วิทยาลัยได้ดำเนินการเปิดสอนระ