มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันที่มีที่มาจากการเป็นโรงเรียนแพทย์ ณ โรงพยาบาลศิริราช ชื่อว่า โรงเรียนแพทยากร ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2432 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าเสาวภาผ่องศรี พระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินเปิดตึกของโรงเรียนแพทย์ จึงได้พระราชทานนามโรงเรียนแพทยากรใหม่ว่า โรงเรียนราชแพทยาลัย

ในวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2460 โรงเรียนราชแพทยาลัยได้ถูกรวมเข้ากับโรงเรียนข้าราชการพลเรือนฯ เพื่อสถาปนาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พร้อมทั้งเปลี่ยนสถานะเป็น คณะแพทยศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และถูกเปลี่ยนชื่อเป็น คณะแพทยศาสตร์และศิริราชพยาบาล ในเวลาต่อมา คณะแพทย์แห่งนี้ได้รับการพัฒนาวิชาการจนได้มาตรฐานแพทยศาสตร์ศึกษาสมัยใหม่ด้วยความช่วยเหลือของมูลนิธิร็อกเกอะเฟลเลอร์ ผ่านการดำเนินงานของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย จนสามารถจัดการศึกษาถึงขั้นประสาทปริญญาบัตรได้ โดยปริญญาบัตรอนุมัติโดยสภาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

 

ในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2486 ในรัฐบาลจอมพลแปลก พิบูลสงคราม ได้มีการแยกคณะวิชาด้านแพทยศาสตร์ อันประกอบด้วย คณะแพทยศาสตร์และศิริราชพยาบาล แผนกอิสระทันตแพทยศาสตร์ แผนกอิสระเภสัชศาสตร์ และแผนกอิสระสัตวแพทยศาสตร์มาจัดตั้งเป็น มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลจึงไม่สามารถนับอายุตั้งแต่การก่อตั้ง "โรงเรียนแพทยากร" เพราะไม่ได้มีสถานะเป็น "มหาวิทยาลัย" ทั้งตามนิยามของราชบัณฑิตยสภา และตามกฎหมายจัดตั้ง คือ "แจ้งความกระทรวงพระธรรมการ แผนกกรมพยาบาล เปิดโรงเรียนแพทยากร" ซึ่งกฎหมายนี้ไม่มีคำใดที่มอบสถานะ "มหาวิทยาลัย" หรือ "สถาบันอุดมศึกษา" แก่โรงเรียนแพทยากร ดังนั้นตามหลักนิติรัฐ ประเทศสยามในขณะนั้นจึงไม่ได้ก่อตั้ง "มหาวิทยาลัย" ชื่อ "โรงเรียนแพทยากร" ขึ้นด้วยอำนาจของรัฐบนดินแดนอธิปไตยของประเทศ ทั้งโดย "สถานะ" และโดย "นาม"

 

ต่อมา แผนกอิสระทันตแพทยศาสตร์ และแผนกอิสระเภสัชศาสตร์ ได้ถูกโอนกลับไปยังจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตามประกาศคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 121 สมัยจอมพลถนอม กิตติขจร ส่วนแผนกอิสระสัตวแพทยศาสตร์ ถูกโอนไปสังกัดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2512 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนาม "มหิดล" อันเป็นพระนามของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ใช้แทนชื่อมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2512

 

มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำของประเทศไทย จากการจัดอันดับของสำนักจัดอันดับหลายสำนัก และมหาวิทยาลัยมหิดลได้รับเลือกให้เป็น 1 ใน 9 มหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ จากกระทรวงศึกษาธิการ ในปี พ.ศ. 2552 และเป็นสมาชิก เครือข่ายมหาวิทยาลัยอาเซียน (ASEAN University Network; AUN)

 

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหิดลจัดการเรียนการสอนใน 17 คณะ 6 วิทยาลัย 9 สถาบัน 3 วิทยาเขต และหน่วยงานต่าง ๆ ครอบคลุมด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ โดยมีที่ตั้งหลายพื้นที่ทั้งในกรุงเทพมหานคร จังหวัดนครปฐม จังหวัดกาญจนบุรี จังหวัดนครสวรรค์ จังหวัดอำนาจเจริญ ฯลฯ

 

อดีตผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหิดลได้รับพระมหากรุณาธิคุณให้เข้ารับพระราชทานปริญญาบัตรจากพระหัตถ์ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ต่อมาพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จพระราชดำเนินมาปฏิบัติพระราชกรณียกิจแทนพระองค์ในการพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหิดล ในปัจจุบันสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูรทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จพระราชดำเนินมาปฏิบัติพระราชกรณียกิจแทนพระองค์ในการพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหิดล